Bakteriofagi zaprojektowane przez SI: pierwsza demonstracja kompletnych genomów wirusowych

6 sierpnia 2026 roku czasopismo *Science* opublikowało pracę „Generative design of bacteriophages with genome language models” (DOI 10.1126/science.aec2657), której pierwszym autorem jest Samuel H. King, a grupą badawczą kierował Brian Hie, assistant professor inżynierii chemicznej na Stanfordzie (Arc Institute). Po raz pierwszy modele językowe trenowane na sekwencjach DNA – Evo 1 i Evo 2 – wygenerowały całe genomy bakteriofagów, a nie tylko pojedyncze geny.

Modele dostrojono na około 15 000 genomów z rodziny Microviridae, a następnie zasilono fragmentami naturalnego faga ΦX174 (genom o długości 5386 nt). Komunikat Arc Institute podaje, że zsyntetyzowano i przetestowano 285 projektów genomu; informacje prasowe i doniesienia mediów mówią o „prawie 300”: artykuł w *Science* jest płatny, a szczegółowe liczby pochodzą z instytucjonalnej noty na temat preprintu oraz z przedruków komunikatu Stanfordu. Spośród nich 16 okazało się funkcjonalnych i zostało potwierdzonych sekwencjonowaniem, z liczbą mutacji od 67 do 392 względem naturalnych genomów referencyjnych; 13 zawiera mutacje nieobecne w żadnej znanej sekwencji naturalnej (Arc Institute). „Koktajl” tych 16 fagów przełamał oporność szczepów *Escherichia coli*, które uodporniły się na faga ΦX174 – pokonane zostały dwa szczepy (artykuł w *Science*) lub trzy (nota Arc Institute) w 1–5 pasażach.

Zaprojektowane bakteriofagi atakują bakterie, a nie ludzi, zwierzęta czy rośliny; zdaniem autorów dane treningowe Evo celowo pomijają sekwencje wirusów zakażających człowieka. Eksperymenty prowadzono na niepatogennych szczepach laboratoryjnych (E. coli C) w dedykowanych komorach biobezpieczeństwa.

Towarzyszący artykuł redakcyjny „AI-designed viral genomes” (DOI 10.1126/science.aej8512), podpisany przez Thomasa V. Inglesby'ego i Moritza S. Hankego z Center for Health Security Uniwersytetu Johnsa Hopkinsa, podkreśla konieczność ustawowego obowiązku kontroli zamówień na syntetyczne kwasy nukleinowe — z weryfikacją zarówno sekwencji, jak i tożsamości zamawiającego — oraz pilnego opracowania metod wykrywania genomów zaprojektowanych przez SI. Sami autorzy badania ostrzegają, że zdolność generowania nowych genomów faga rodzi poważne pytania o biobezpieczeństwo i biozabezpieczenie, i zalecają konsultacje ze specjalistami przez cały cykl życia projektu (King et al., *Science*). Wśród deklarowanych ograniczeń: długość genomu ΦX174 (5386 nt) jest praktycznym pułapem przy obecnych kosztach syntezy DNA, a standardowe predykcje genów wykryły tylko 7 z 11 genów z powodu nakładających się ramek odczytu.

Podsumowując: dowód koncepcji pokazuje, że SI potrafi zaprojektować kompletne genomy wirusowe, i otwiera drogę przyszłym zastosowaniom fagowym przeciw bakteriom opornym. Brak danych in vivo, niepewność co do dokładnej liczby zsyntetyzowanych genomów i potrzeba jasnych reguł biobezpieczeństwa pokazują jednak, że droga do zastosowań klinicznych jest wciąż długa. — Pixie